Todo el juego se basa en los Puyos, una especie de criaturas esféricas de colores, con distintas caras. Cada jugador dispone de un campo de 6 columnas y 12 filas, teniendo lugar para 72 Puyos. Si alguna de las dos columnas centrales se te llena, pierdes la partida. Los Puyos van cayendo (al estilo Tetris), hasta llegar abajo del todo de la pantalla. Éstos pueden caer en grupos de 2, de 3, y en forma de un Puyo gordo, que son en realidad 4 formando un cuadrado.
Hay un total de 5 colores, habiendo 3 en fácil, 4 en normal y 5 en difícil (Rojo, Azul, Verde, Amarillo y Morado), y deben juntarse de 4 en 4, del mismo color, para hacerlos desaparecer. Se pueden juntar en horizontal y/o en vertical, pero nunca en diagonal. Así, si 4 Puyos se tocan, desaparecerán y los Puyos sobre ellos bajarán. Si al caer forman otros grupos, también desaparecerán y realizarán un combo.
Para desbloquear a Carbuncle completa el circuito HaruHaru con menos de 4 o más de 12 fevers usados o bien acaba el juego con un número múltiplo de 7 continues.
Para desbloquear a Popoi completa el circuito WakuWaku.
Para realizar un reset in-game mantén presionado A, B, X e Y y presiona Start.