Todo el juego se basa en los Puyos, una especie de criaturas esféricas de colores, con distintas caras. Cada jugador dispone de un campo de 6 columnas y 12 filas, teniendo lugar para 72 Puyos. Si alguna de las dos columnas centrales se te llena, pierdes la partida. Los Puyos van cayendo (al estilo Tetris), hasta llegar abajo del todo de la pantalla. Éstos pueden caer en grupos de 2, de 3, y en forma de un Puyo gordo, que son en realidad 4 formando un cuadrado.
Hay un total de 5 colores, habiendo 3 en fácil, 4 en normal y 5 en difícil (Rojo, Azul, Verde, Amarillo y Morado), y deben juntarse de 4 en 4, del mismo color, para hacerlos desaparecer. Se pueden juntar en horizontal y/o en vertical, pero nunca en diagonal. Así, si 4 Puyos se tocan, desaparecerán y los Puyos sobre ellos bajarán. Si al caer forman otros grupos, también desaparecerán y realizarán un combo.
En el menú de opciones mantén el botón X presionado y introduce: arriba, abajo, izquierda, derecha.
Para desbloquear otros personajes especiales hay otras vías.
Carbuncle: Completa el circuito HaraHara usando de 4 a 12 fevers o bien vence a Accord en HaraHara con un número de continuaciones múltiplo de 7. Aparecerá Carbuncle, véncele para conseguirlo.
Popoi: Completa el circuito WakuWaku.
En el menú de opciones introduce: cuadrado, arriba, abajo, izquierda, derecha.
Para desbloquear otros personajes especiales hay otras vías.
Carbuncle: Completa el circuito HaraHara usando de 4 a 12 fevers o bien vence a Accord en HaraHara con un número de continuaciones múltiplo de 7. Aparecerá Carbuncle, véncele para conseguirlo.
Popoi: Completa el circuito WakuWaku.
Para el modo individual procede de la misma manera e introduce: abajo, arriba, cuadrado, triángulo y Start.
Carbuncle: Finaliza el circuito HaraHara.
Popoi: Finaliza el circuito WakuWaku.
Todos los extras: Ves a la galería y selecciona el apartado Ver Escenas. Una vez allí mantén presionado el Select y presiona: arriba, abajo, izquierda, derecha.
Para jugar como Popoi finaliza el circuito WakuWaku en nivel normal de dificultad.
Para realizar un reset in-game, mantén pulsada la X, el círculo, el cuadrado y el triángulo y presiona Start.
Completa el circuito HaraHara con menos de cuatro o más de doce fevers para desbloquear a Carbuncle. También puedes completar el juego con el número de continues múltiplo de 7.
Carbuncle: Finaliza el circuito HaraHara con menos de cuatro o más de doce fevers y sin haber realizado ningún continue.
Para desbloquear a Carbuncle completa el circuito HaruHaru con menos de 4 o más de 12 fevers usados o bien acaba el juego con un número múltiplo de 7 continues.
Para desbloquear a Popoi completa el circuito WakuWaku.
Para realizar un reset in-game mantén presionado A, B, X e Y y presiona Start.
Esta versión de Puyo Pop Fever no salió de Japón.