Epyx comenzó llamándose Automated Simulations, empresa fundada en 1978 en San Francisco, California, como vehículo para publicar el primer juego de Connelley y Freeman, Starfleet Orion, escrito en PET BASIC. El juego fue rápidamente portado a otras plataformas, como el TRS-80 y el Apple II. Su relativo éxito les animó a publicar Invasion Orion una segunda parte en la que se incluyó un jugador controlado por la máquina, por lo que no era estrictamente necesario tener a dos jugadores.
En el año 1979, todas las revistas de la época titularon a Temple of Apshai como el mejor juego de la era y, como hicieron anteriormente, portaron el juego a otras plataformas. Publicaron dos secuelas y debido a su enorme éxito fueron reeditadas en el año 1985 como Temple of Apshai Trilogy. Posteriormente desarrollaron algunos juegos de acción como Crush, Crumble and Chomp! o Star Warrior.
En el año 1981, Freeman abandona la compañía para fundar Free Fall Associates, dejando a Connelley al mando de la empresa, quien la renombrará a Epyx. En el año 1983 publicarán Jumpman, un gran éxito, por lo que la compañía decide que los juegos de acción son el futuro, mientras que Connelley decide abandonar la empresa.
Epyx se encuentra en racha y encadena una serie de éxitos, como el Impossible Mission o Summer Games, a quien seguirían sus secuelas Winter Games, California Games y World Games.
En pleno proceso expansivo, la compañía compra licencias de marcas jugueteras para sus juegos, como Hot Wheels, GIJoe o Barbie. Por otra parte, U.S. Gold se encargará de distribuir los juegos de Epyx para Commodore 64 en Europa, así como llevar a cabo los ports para otras plataformas mayoritarias en el viejo continente, como el ZX Spectrum y el Amstrad CPC.
Con el objetivo de mejorar sus ventas para la plataforma Commodore 64, diseñó el FastLoad Cartridge, que reducía notablemente el tiempo de carga de los juegos.
Por otra parte, Epyx empezó a desarrollar en el año 1986 una consola portátil a la que llamaron Handy, pero debido a los gastos que producía en la empresa, decidieron vendérsela a Atari, convirtiéndose en la Atari Lynx.
Tras el intento fallido de tener su propia portátil, por un motivo u otro, todo empezó a deteriorarse en Epyx. El proceso que más daño hizo a la compañía fue la demanda impuesta por Data East por infringir el copyright del juego de Commodore 64 World Karate Championship. Según la demandante, el juego se parecía muchísimo a su juego Karate Champ, especialmente el diseño del árbitro. En una primera instancia, Data East ganó el juicio en la US District Court, obligando a Epyx a retirar las copias de su juego. Pero en la Corte de Apelación Epyx ganó la batalla, puesto que la sentencia decía que no el copyright no se podía extender a la idea de un torneo de kárate, a pesar de las similitudes gráficas. La Corte también dijo que cualquier chaval que jugara podría darse cuenta de las diferencias entre ambos juegos.
Dos años más tarde, en el 1989, la compañía se acogió al capítulo 11 para la protección de las compañías en bancarrota. Stephen Landrum, un programador veterano de Epyx, dijo: "La compañía nunca entendió ni supo qué funcionó en el pasado, entonces decidió diversificar sus áreas de actuación, siendo todas ellas fallidas".
Para reducir gastos, la maltrecha Epyx decidió mudarse a unas pequeñas oficinas en Redwood City y despedir a la mayoría de la plantilla. La compañía siguió publicando juegos, centrando todos sus esfuerzos en la consola portátil que un día fue suya, la Atari Lynx, y cedió todos sus derechos de publicación a Atari también, puesto que era a la compañía a la que más dinero debía. La compañía logró salir de la quiebra, pero con tan solo ocho trabajadores en plantilla, decidieron vender la empresa a Bridgestone Media Group.
En 2006, la publicadora británica System 3 anunció la compra de los derechos de algunos juegos de Epyx como California Games o Impossible Mission para lanzarlos en Nintendo DS, Sony PSP y Wii en 2007.