The Legend of Zelda: The Wind Waker es la tercera entrega en 3D de la saga y el décimo de la saga. Aunque el sistema de juego es parecido al presentando en las entregas de N64, esta entrega da un giro radical tanto en los gráficos (utilizando una estética cartoon) como en la presentación del mundo de Hyrule, el cual ahora está formado por islas.
Wind Waker es una aventura donde Link debe avanzar en la historia gracias a sus armas principales, su espada y su escudo, y otros objetos que irá encontrando en la mazmorras que habrá que completar. Por norma general, en cada mazmorra se encuentra un objeto, que será necesario para completar esa misma mazmorra.
En esta entrega, Link obtendrá la batuta de los vientos, que le permitirá entre otras cosas cambiar la dirección del viento para poder viajar rápidamente entre las islas.
Epona, el caballo de Link en OoT, no acompañará a Link en esta aventura, sino que lo hará Mascarón Rojo, un misterioso bote parlante que llevará a Link a través del mar para poder ir de una isla a otra.
La historia de Wind Waker se sitúa 100 años después de Ocarina of Time. Link, ahora encarnado en un joven que vive con su abuela y su hermana Aryll en la isla Initia. En el cumpleaños de Link, un ave rapta a su hermana, y por otra parte Link encuentra y rescata a una chica llamada Tetra, que resulta ser la capitana de un barco pirata. Tetra se ofrece para ayudar a Link a encontrar a su hermana. Aquí empieza una aventura donde Link deberá recorrer el mundo para salvarlo.