Prototype 2 es un juego de acción de mundo abierto, secuela directa del primer Prototype. Desarrollado también por Radical Entertainment, pretende ampliar y mejorar la experiencia de juego de la primera parte.
En el mundo de Prototype, James Heller es un mutante que tiene un gran poder y que aumenta a medida que avanza la historia. Podemos recorrer libremente la ciudad escalando edificios, dando increíbles saltos y destruyendo lo que se nos ponga por delante.
No todos los poderes de Heller son destructivos, también puede absorber a la gente para obtener sus recuerdos y también su identidad, y de esta forma entrar en zonas sin dar la alarma.
Para avanzar en la historia debemos ir descubriendo nuevas zonas de la ciudad, acudiendo a puntos de interés donde comenzaremos diferentes misiones y desafíos.
En esta segunda parte no controlamos a Alex Mercer, protagonista de la primera entrega, sino a James Heller, otro mutante que piensa que Mercer tiene la culpa de la muerte de su familia y de su mutación. De esta forma tenemos un nuevo personaje, con otra historia que descubrir y con muchos nuevos poderes que aprender durante el juego.