Metroid Prime es la primera entrega de la saga Metroid en 3D, pasando de ser un juego de aventura en scroll lateral a un juego de aventura en primera persona. El juego conserva toda la esencia de los Metroid anteriores, combinando acción y exploración a partes iguales. Este título inicia la trilogía Prime y se cronologicamente se sitúa el segundo de la saga.
A parte de en GameCube, salió para Wii en una colección que incluía los 3 títulos de la trilogía Prime.
El control del juego es similar a otros juegos en primera persona, aunque con ciertas diferencias. A diferencia de los FPS, en Metroid podemos bloquear nuesto objetivo a enemigos para que sea más fácil abatirlos.
El juego nos presenta un mundo abierto separado en zonas, como en anteriores Metroid. Cada zona tendrá sus características y clima. Deberemos recorrer los escenarios varias veces para poder acceder a todas las zonas a medida que avanzamos en la aventura.
Samus irá adquiriendo habilidades a lo largo de la aventura, lo cuál nos permitirá hacer multitud de acciones diferentes, como disparos cargados, lanzar misiles, transformarnos en morfosfera y muchas otras. Todas estas habilidades nos servirán para acceder a lugares que antes no podíamos acceder.