El Profesor Layton y la Llamada del Espectro es la cuarta entrega de la saga del profesor Layton, aunque cronológicamente es la primera de la historia. En esta entrega nos esperan cerca de 170 puzzles que debemos resolver para avanzar en la intrigante historia.
El juego sigue la jugabilidad de las anteriores entregas del profesor Layton. Los conflictos y enigmas que surjan en la historia los debemos resolver mediante ingeniosos puzzles que harán que nos estrujemos los sesos.
Desde la conexión Wifi se pueden descargar nuevos puzzles de bonus que podemos seleccionar desde el menú del juego.
En las versiones Japonesa y Americana del juego, se incluye un modo llamado London Life, un RPG donde hacemos un avatar y en una ciudad llamada Little London debemos ayudar a las personas de la ciudad para ganar dinero y progresar en nuestra vida. Este juego se ha quitado en la versión Europea porqué la traducción de todas las líneas de diálogo habría retrasado mucho el juego.
El juego toma lugar 3 años antes de el principio de El Profesor Layton y la Villa Misteriosa. En el pueblo Misthallery se explica un leyenda sobre un espectro que surge para defender la ciudad cuando alguien toca un instrumento conocido como la Flauta del Espectro. Últimamente, un monstruo que parece ser este espectro, ataca la ciudad por las noches. El profesor Layton debe investigar los sucesos para averiguar que hay detrás de este misterio.