Matrix Software fue fundada el julio de 1994 por Oohori Kousuke y tres amigos, quienes habían estado relacionados con la industria del videojuego desde hacía bastantes años, asentando la central en Tokyo.
La compañía también contó de entrada con ex-miembros de Climax Entertainment y Telenet Japan.
Tres años después de su fundación, Matrix lanzó su primer juego, Alundra para Playstation, del que sacaron una secuela dos años más tarde. En septiembre de 1999, forjaron una alianza con Chunsoft, con quienes realizaron Torneko: The Last Hope. Desde aquel entonces la compañía se ha dedicado a realizar juegos basados en franquicias, como YuYu Hakusho, One Piece o Final Fantasy.
