El remake de esta entrega de Zelda de Nintendo 64 para 3DS tendrá además de la aventura principal, el modo Master Quest.
Master Quest es un modo que ofrece una dificultad más elevada respecto al juego original, más enemigos y algunos puzzles diferentes. Esta versión del juego se pudo encontrar junto a Zelda Wind Waker para NGC, publicado en 2004.
Este nuevo modo hace que el juego sea más rejugable y también que aquellos que jugaron en su día al Ocarina of Time original tengan nuevos retos que superar.