Esta secuela de Pikmin sigue el estilo de juego que el título anterior pero aportando mejoras y novedades. En esta entrega se incluye multijugador para 2 jugadores.
La jugabilidad es la misma que en la primera parte. Manejamos a Olimar y con él podemos decir a los Pikmin lo que deben de hacer para ayudarnos.
En esta entrega se añaden 2 tipos de Pikmin. Además de los Pikmin rojos, azules y amarillo, también encontramos los púrpuras, que son los más fuertes y pesados, y los blancos que pueden desenterrar objetos.
El modo multijugador permite el modo batalla entre dos jugadores y el modo desafío, donde los 2 jugadores deberán explorar cuevas antes de que acabe el tiempo para superarlas.
Olimar regresa del viaje donde vivió las aventuras en la primera entrega de Pikmin. Cuando llega a su planeta se da cuenta de que la empresa para la que trabaja tiene una importante deuda y va a vender la nave de Olimar. Por suerte, descubren que una botella que trajo Olimar del planeta Pikmin para su hijo es un valioso tesoro, así que Olimar es enviado junto a su compañero de trabajo Louie de nuevo al planeta Pikmin para encontrar tesoros y poder pagar la deuda de 10000 Pokos.