Un meteorito se ha estrellado contra la Tierra dejando tras de sí una estela con un misterioso polvo verde en la atmósfera. Sin que nadie se haya dado cuenta, las pequeñas plantas, hongos y flores han despertado a una nueva vida en la que pueden pensar y moverse. Pronto comienzan a formar tribus, las tribus se convierten en naciones y con el nacimiento de las naciones? vino la guerra. Mushroom Men: La Rebelión de los Hongos para Nintendo DS, comienza su historia cuando un pacífico pueblo de setas Boletus es atacado por escarabajos mutantes. El jugador puede escoger entre tres miembros de la tribu Boletus para emprender un viaje en busca de refuerzos que le ayuden a recuperar su aldea y a su amado líder.