Esta entrega usa la misma mecánica que el anterior título, ofreciendo al jugador un nuevo mundo que explorar, nuevos enemigos y habilidades.
El juego salió para Wii en 2009 en una colección de la trilogía Metroid.
La historia comienza 6 meses después de los acontecimientos en Metroid Prime. Samus es enviada a rescatar a un grupo de marines espaciales en el planeta Aether. Allí Samus se encontrará con su réplica óscura, Dark Samus, y explorará el planeta en busca de su enemigo y averiguar que sucedió en Aether.
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