Cubic Ninja es un juego de habilidad y plataformas donde el protagonista es controlado totalmente por los giroscopios de 3DS. El juego incluye un editor de niveles.
A causa de ser un juego controlado con el movimiento de la consola, no incluye modo 3D esteroscópico.
El protagonista del juego, un Ninja Cúbico, inicia un viaje con el fin de salvar a su amigo.