Jugando con el concepto de los viajes en el tiempo, Chronos Twin te transforma Nec, la última esperanza de este planeta. Este intrépido héroe no sólo luchará para salvar al mundo de los invasores sino también para vengar la muerte de su hermano. Para completar de forma satisfactoria todos los niveles, tendrás que usar las dos pantallas simultáneamente, ya que juegas a la vez a través de dos dimensiones temporales (pasado y presente), con el objetivo de conocer (y vencer) a la entidad enemiga principal cuando aparece por primera vez en el mundo de Nec. Deplazándose por las áreas de scroll lateral, el protagonista tiene una meta doble: controlar el tiempo presente mientras explora el planeta durante el pasado para acabar con las amenaza alienígena.