Wario vuelve como personaje principal en la segunda entrega de Wario Land. Sigue el estilo de la entrega anterior, siendo un plataformas con toques de aventura y investigación.
El juego sigue la mecánica de los juegos de plataformas, aunque con añadidos que mejoran la experiencia. Wario puede transformarse en diversas formas que le permiten acceder a sitios que de otra forma no podría y así poder completar los niveles o acceder a niveles o zonas secretas. Además, Wario no puede morir en esta entrega, sino que los ataques de los enemigos le hacen perder sus preciadas monedas. El juego es muy rejugable gracias a un sistema de niveles secretos y rutas alternativas que hace que el jugador rejuegue los niveles en busca de esos niveles secretos.
El Capitán Syrup, Némesis de Wario, consigue entrar en su castillo mientras Wario duerme y le roba todo el tesoro que consiguió en la primera entrega y se queda con su castillo. Wario tiene que volver a conseguir todo el oro perdido y recuperar su castillo. Según la cantidad de tesoros conseguida, el juego tendrá diferentes finales.