Wario vuelve en la tercera entrega de su saga con la intención de enriquecerse todo lo posible. En esta entrega, muy similar a la anterior, Wario queda encerrado en una caja musical y deberá hacer todo lo posible para salir de ella, cogiendo todos los tesoros que encuentre, por supuesto.
La jugabilidad de este título es muy simillar a Wario Land II. Wario es indestructible, aunque pierde monedas al ser dañado, y puede transformarse en diferentes formas que le permiten acceder a zonas inaccesibles de otra forma.